Επιχειρησιακός στόχος της Διεύθυνσης είναι ο σχεδιασμός, η κατάρτιση, η εποπτεία και η τροποποίηση του Τακτικού Προϋπολογισμού, του Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων και των Λοιπών Πηγών Χρηματοδότησης, η κατάρτιση των Δημοσιονομικών Αναλύσεων και Αναφορών καθώς και η αποτελεσματική και μεθοδική διαχείριση των εσόδων του Ιδρύματος από οποιαδήποτε πηγή. Έχει την ευθύνη της διαχείρισης των οικονομικών θεμάτων και συναλλαγών όλων των Υπηρεσιών και των Ακαδημαϊκών Μονάδων του Ιδρύματος καθώς και της μισθοδοσίας όλου του προσωπικού.